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七个桥梁和DDL合作伙伴加速Covid-19分析

2020年7月10日
Michiel Weber,DDL(左)和A. Sinan Yavuz,博士学位,高级生物信息学科学家,七个桥梁(右)Michiel Weber,DDL(左)高级生物信息学,以及Sinan Yavuz,博士学位,博士,高级生物信息学科学家,七个桥(右)
Michiel Weber,DDL(左)的高级生物信息学家,A. Sinan Yavuz,Phd,高级生物信息学科学家,七个桥梁(右)

全球的研究人员正在寻找Covid-19,致力于控制病毒的诊断,疗法和疫苗。支持这些努力, DDL诊断实验室 (DDL)正在制定更快的方法来识别病毒基因组变体 - 通过与生物信息提供者合作加速的工作 七个桥梁 .

DDL,最近与病毒学合同研究组织合并 vircoclics. ,一直在研究病毒病原体25年,培养人乳头瘤病毒,丙型肝炎病毒(HCV)和其他病毒的诊断。在过去的五年中,DDL已接受下一代测序(NGS),发展其雅典娜生物信息学管道,以更好地关注比较基因组学。

DDL创建了雅典娜,因为公司需要更可靠地调用病毒NGS数据中特定的遗传变异的工具,例如替换,插入和删除。

“雅典娜是不需要的,”DDL高级生物信息学士Michiel Weber说。 “我们想得到最高质量的数据,看看我们的屏幕上的生物学真理。有时,这意味着你必须自己写东西来纠正它。”

当应用于HCV数据时,雅典娜可提供详细信息,例如,在病毒中可以共同发生该插入和删除,在病毒诊断中为DDL提供DDL。在过去的四年中,几家制药公司已采用雅典娜管道,支持他们努力为乙型肝炎和C,人类呼吸合胞病毒,细胞病毒和其他病原体开发新的治疗方法。

虽然Covid-19是雅典娜的新申请,但DDL的病毒分析轨道记录一直非常宝贵,并将平台适应这种新的病原体是允许研究人员对该病原体洞察力洞察的逻辑步骤。虽然SARS-COV-2和HCV都是RNA病毒,但每个特定病毒都会带来自己的生物复杂性来解决。研究人员试图通过观察病毒遗传密码的镜头来获得这种理解,这就是雅典娜进来的地方。

另外,因为 SARS-COV-2可以突变,可能导致对新开发的药物的抵抗力,它可以是研究人员和临床医生对策的移动目标。雅典娜的高灵敏度和准确性表现出巨大的潜力,可以改善Covid-19疫苗和抗病毒研究的数据解释。

七座桥梁添加了生物信息学马力

开发生物信息学工具以更好地分析SARS-COV-2只是等式的一部分。最初,DDL在自己的服务器上ran athena ran athena,但需要更强大的工具。在练习市场后,DDL选择了 七个桥梁平台 提供研究人员和生物信息管理员更好地访问雅典娜。

“七个桥梁平台被制定为解决令人难以置信的复杂的研究问题,例如识别来自大型病毒数据集的新型变体,”Sinan Yavuz,Phd,高级生物信息学科学家,七个桥梁。 “这支持了一种迭代方法,其中研究人员可以修改其工具并检查每个角度的数据,以挑选将产生有意义的结果以推进其研究的可操作信息。”

七个桥梁平台的直观界面允许研究人员从数百种策策的生物信息学工具中选择,以构建自定义工作流程。用户可以查询以不同的云位置(如Amazon S3或Google Cloud Diplet)的巨大数据集查询,以降低成本并加速发现。此外,用户可以将应用程序定制到其确切的需求,并访问各种现有数据库,易于通过疾病,人口统计,研究类型和其他描绘师细分,以简化数据分析。

研究人员可以在一个内部合作 基于云的“玻璃单一窗格”环境,启用全局分布式,跨职能团队将数据分享和解释。交互式图形用户界面有助于生物学家,数据科学家和其他研究人员在一个环境中进行复杂的迭代分析。 

该平台扩展了Covid-19分析工具的可用性,提供了安全环境中的可扩展性,速度和即时数据可用性。通过并行处理,该平台减少了研究人员必须花费分析NGS数据的时间。

“用七个桥梁组成一个战略举措,允许我们通过工作流程传输各种信息,例如每个单独文件的参数设置,例如,”韦伯说。 “这对我们来说非常重要,因为它意味着我们可以保留最初的本地实施的灵活性,透明度和可追溯性,同时能够按需扩展。七个桥梁是支持我们努力的最佳平台,我们仍然是非常的对我们所做的选择感到高兴。七个桥梁技术支持团队一直没有令人惊叹。“

该平台还可以更好地访问外部用户以扩展其客户端群。研究人员可以通过七个桥接进入雅典娜生物信息学管道和基因组学工具,并实时地从多个位置进行复杂问题。

“我们觉得我们手中有很好的软件,除了我们现有的客户群之外,没有人知道它,”韦伯说。 “七个桥梁是雅典娜在世界进一步推动的重要因素并加速我们的使命。”

有关七桥平台的雅典娜管道的更多信息, 查看这个最近的网络研讨会.

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